1 · 光学显微镜和倒置显微镜

（1） 未染色细胞：凋亡细胞的体积变小、变形，细胞膜无缺但呈现发泡现象，细胞凋亡晚期可见凋亡小体。贴壁细胞呈现舒展、变圆、坠落。
 
（2） 染色细胞：常用姬姆萨染色、瑞氏染色等。凋亡细胞的染色质浓缩、边缘化，核膜裂解、染色质切割成块状和凋亡小体等典型的凋亡形状。
 
2 · 荧光显微镜和共集合激光扫描显微镜
 
一般以细胞核染色质的形状学改动为目标来评判细胞凋亡的发展情况。
 
Hoechst是与DNA特异结合的活性染料，贮存液用蒸馏水配成1mg/ml的浓度，运用时用PBS稀释成终浓度为2~5mg/ml。
 
DAPI为半通透性，用于惯例固定细胞的染色。贮存液用蒸馏水配成1mg/ml的浓度，运用终浓度一般为0.5 ~1mg/ml。
 
效果评判：细胞凋亡过程中细胞核染色质的形状学改动分为三期：Ⅰ期的细胞核呈波纹状（rippled）或呈折缝样（creased），部分染色质呈现浓缩情况；Ⅱa期细胞核的染色质高度凝集、边缘化；Ⅱb期的细胞核裂解为碎块，发作凋亡小体)。

3 · 透射电子显微镜观察
 
细胞效果评判：凋亡细胞体积变小，细胞质浓缩。凋亡Ⅰ期（pro-apoptosis nuclei）的细胞核内染色质高度环绕，呈现许多称为气穴现象（cavitations）的空泡结构(图2)；Ⅱa期细胞核的染色质高度凝集、边缘化；细胞凋亡的晚期，细胞核裂解为碎块，发作凋亡小体。